叶绿素a本身对环境没有危害，但它是估算浮游植物生物量的重要指标，可以通过测定水中浮游植物叶绿素a的含量，掌握水体的初级生产力情况和富营养化水平，在环境监测中，叶绿素a含量是评价水体富营养化的指标之一。

中国环境科学研究院李子成在《中国湖库营养现状调查分析》中对湖泊、水库的营养状态进行了分级：

比较国内外标准中叶绿素a测定的关键步骤在于：提取试剂、滤膜类型、样品保存方法、是否研磨机研磨后是否需要浸泡、计算方法。

1.提取试剂

除热乙醇法，国内外标准方法均采用90%丙酮作为提取试剂。EPA446.0指出，90%丙酮溶液可以有效提取大部分藻类细胞中的叶绿素a，而且不产生其他衍生物。丙酮是国际上较为公认的提取叶绿素的试剂

2.滤膜

除《水和废水检测分析方法（第四版）》采用乙酸纤维滤膜外，均采用玻璃纤维滤膜。

3.样品保存方法

样品的保存条件各种方法略有不同，但水样采集后均保证4℃冷藏保存，样品滤膜可冷冻保存。而且叶绿素a测定样品滤膜冷冻后再研磨，可提高提取效率。暨南大学水生生物研究所的林少君在《浮游植物中叶绿素a提取方法的比较与改进》的研究结果。如采样后不立刻测定，-18℃下冰冻，再于室温条件下融解，利用细胞内冰粒的形成和细胞液浓度的增高引起溶涨，使胞壁结构破碎引起叶绿素溶出。

4.是否研磨及研磨后是否需要浸泡

虽然研磨的方法较为费力，但是该方法操作简单，仪器设备要求低，常温操作不会对叶绿素a造成破坏，细胞破碎完全，对叶绿素的提取速度快，效率高，并在环境监测系统广泛应用，考虑到方法的经典性和数据的可沿用性，新的技术线路中关于对叶绿素a的提取步骤沿用《水和废水监测分析方法（第四版）》中的研磨方法，研磨提取叶绿素a，主要通过机械作用破坏藻类的细胞壁和叶绿体使叶绿素a溶解于丙酮，并在此基础上进行改进。

5.计算公式及波长

关于计算方法，主要有三色法和单色法，三色法主要考虑了叶绿素b和叶绿素c对测定的干扰，测定的是表观叶绿素a的含量（包括叶绿素a与脱镁叶绿素a之和），单色法考虑脱镁叶绿素a的干扰。从方法的简便性来说，三色法操作简单，产生误差几率小，耗时比单色法短；目前《水和废水监测分析方法（第四版）》中测定叶绿素a的方法在地表水环境监测中应用最为广泛，该方法采用丙酮研磨提取叶绿素a，用三色法计算叶绿素a的浓度。